Четырнадцатилетний Ёсимори и шестнадцатилетняя Токинэ – наследники семей Сумимура и Юкимура, потомственные Заградители. Их священная обязанность – отлавливать и нейтрализовать аякаси - духов, которые проникают на территорию Академии Карадзумори. Дело в том, что школьные здания возведены на родовых землях семьи Карадзумори, некогда собравшей много мистической энергии и похоронившей ее под своим замком. Под воздействием этой энергии все духи делаются намного сильней и агрессивней, так что многие поколения Заградителей без отдыха воюют с призрачными визитерами...

Положение усугубляется тем, что семьи Сумимура и Юкимура без конца выясняют, кому из них принадлежит честь быть преемниками мастера Токимори, легендарного первого Заградителя. Подобное соперничество отнюдь не облегчает Ёсимори и Токинэ – соседям, одноклассникам, друзьям детства и соперникам в магических и боевых искусствах – их нелегкий мистический труд...

Макимура Котаро - обычный школьник. На летних каникулах, в июле, он решает признаться в любви Серизаве Кахо. Но, когда он просыпается следующим утром, он с удивлением обнаруживает, что каким-то образом перенёсся в первое сентября, первый день занятий после каникул.
Не понимая, что происходит, он отправляется в школу, и там видит, что все его одноклассники сильно опечалены. Из разговоров он понимает, что Кахо начала с ним встречаться... и что она погибла в происшествии 31-го августа.
Вернувшись в день перед тем, как он признался в любви Кахо, он пытается найти способ изменить это ужасное будущее. Путешествуя между будущим и прошлым, он продолжает бороться с суровой судьбой... так начинаются эти длинные летние каникулы между пространством и временем.

Вы играете за Томою Оказаки, ученика выпускного класса, который недоволен своей жизнью. Однако, Томоя обнаруживает, что его жизнь вскоре сильно изменится, когда встречает Нагису. Истории и переживания героев игры сосредоточены вокруг семьи и семейных ценностей (что и отражено в названии: Clannad - "семья, клан" на ирландском языке, как утверждает главный сценарист игры, Дзюн Маэда).

Сюжет игры по-своему мил. Жил да был простой японский паренек Така, и была у него младшая сестра по имени Кана. Еще в раннем детстве Така часто с ней ссорился. Родители уделяли Кане куда больше внимания, и ранимая психика узкоглазого киндера не выдерживала столь явной конкуренции. Шло время, сестру все чаще возили на разные обследования, и лишь повзрослев Така, наконец, понял, что она очень серьезно, а может, и неизлечимо больна. Раскаяние — вещь хорошая, однако вместе с катарсисом в проснувшееся сердце Таки пришла самая настоящая любовь… Увы, уже не к сестре, а к женщине — к маленькой беззащитной Кане, терпеливо сносившей его детские издевательства и до сих пор считавшей каждый новый день подарком судьбы.

Сюжет компьютерной игрушки будет развиваться в японском парке развлечений LeMU, где произошла катастрофа, после которой парк затопило. Людей эвакуировали, но все еж несколько человек осталось заперты на территории парка. Группа ждет помощи, а пока старается выбраться самостоятельно, спастись, а так же узнать от чего произошла такая катастрофа...