В недалёком будущем андроиды (человекоподобные роботы) стали частью повседневной жизни. Большинство людей относится к ним, как к неодушевлённым предметам, но есть и такие, кто слишком привязывается к андроидам из-за их почти человеческой внешности. Таких людей называют «андроидоголиками». Рикуо, простой японский школьник, однажды обнаруживает, что его андроид Сами ведёт себя странно.
С его попытки узнать причины, по которым она исчезает из дома, и начинается сюжет этого 6-ти серийного аниме.

В катастрофе, унёсшей жизни 800 человек – всего населения острова Камиока. Девочка, утратившая родителей и память о той ночи, пять лет прожила у бабушки, сторонясь людей и получая домашнее образование. Но вот на пороге взрослой жизни Мари пришла пора «вернуться в общество», и девочка поступает в Кайо - частную женскую школу с весьма строгими и давними традициями.

Действие происходит в 2015 году. За 15 лет до этого при таинственных обстоятельствах произошла ужасная катастрофа - всеобщее потепление или Второй Удар (после Первого Удара погибли динозавры). Растаяли льды Антарктиды, погибло три четверти человечества, большая часть суши оказалась под водой. Секретная организация "NERV", действующая под эгидой ООН, создает Токио-3 - огромную военную базу. Задача Токио-3 - защита человечества от начавших появляться на Земле таинственных гигантских Ангелов или Посланников. Единственное оружие, могущее им противостоять - пилотируемые биороботы серии "Евангелион". Однако управлять "Евами" могут только подростки, зачатые после Второго Удара. Первым боевым пилотом "Евы" становится четырнадцатилетний Икари Синдзи, сын руководителя "NERV" Икари Гэндо, - замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий свое отдаление от отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники "NERV", от которых их высокое начальство скрывает истинный смысл проекта - наступление окончательного Конца Света...

В будущем грань между дигитальным и физическим мирами заметно стёрлась, кибертроника изменила жизнь человечества до неузнаваемости, создав новый синтетический уровень существования и сведя людей в единую Сеть. Однако сближение живых организмов и машин оказалось чревато опаснейшими последствиями, предоставив злоумышленникам невиданные доселе возможности манипулирования человеческим сознанием. Для предотвращения подобных технопреступлений и был создан Девятый Отдел. Это элитное подразделение полиции сканирует как физический, так и кибернетический миры для выявления вредоносной деятельности хакеров, кибер-террористов и взбесившихся машин. В случае необходимости на поимку преступников отправляется оперативная группа профессионалов, каждый из членов которой наделён особыми качествами. Бато, человек, начинённый электроникой, обладает стальными глазами и мощными бицепсами из титаниума. Детектив Тогуса, человек без каких-либо кибер-добавок, обогащает команду своей иррацинальной интуицией. Ведёт группу неотразимая Матоко Кусанаги, киборг с сознанием, близким к Божественному откровению. Когда в действии такая блестящая группа, прикрываемая в политической сфере шефом Девятого Отдела Арамаки и снабжённая впечатляющей военной технологией, мир может спать спокойно.