В будущем грань между дигитальным и физическим мирами заметно стёрлась, кибертроника изменила жизнь человечества до неузнаваемости, создав новый синтетический уровень существования и сведя людей в единую Сеть. Однако сближение живых организмов и машин оказалось чревато опаснейшими последствиями, предоставив злоумышленникам невиданные доселе возможности манипулирования человеческим сознанием. Для предотвращения подобных технопреступлений и был создан Девятый Отдел. Это элитное подразделение полиции сканирует как физический, так и кибернетический миры для выявления вредоносной деятельности хакеров, кибер-террористов и взбесившихся машин. В случае необходимости на поимку преступников отправляется оперативная группа профессионалов, каждый из членов которой наделён особыми качествами. Бато, человек, начинённый электроникой, обладает стальными глазами и мощными бицепсами из титаниума. Детектив Тогуса, человек без каких-либо кибер-добавок, обогащает команду своей иррацинальной интуицией. Ведёт группу неотразимая Матоко Кусанаги, киборг с сознанием, близким к Божественному откровению. Когда в действии такая блестящая группа, прикрываемая в политической сфере шефом Девятого Отдела Арамаки и снабжённая впечатляющей военной технологией, мир может спать спокойно.

Главный герой Аояги Рицка - мальчик, потерявший самого дорогого человека - своего старшего брата Сэмея, смерть которого опутана завесой тайны. Рицка переходит в новую школу и тут же вызывает симпатию со стороны Юико - "девочки на побегушках". Она выполняет поручения так называемых подруг, которые, по большому счету, просто используют ее. Грубо назвав девушку дурой, Рицка доводит ее до слез. Но эта весьма восприимчивая к неприятностям девочка не желает сдаваться. Она раз за разом пытается сблизиться с Рицкой. В первый день в новой школе, Рицка встречает Соуби - загадочного "взрослого" друга Сэмея, который почти сразу признается ему в любви и утверждает, что сделает все, что тот пожелает. Соуби - бывший страж Возлюбленного. Таково было истинное имя Сэмея. Благодаря последней воле Сэмея, Соуби становится Стражем "Нелюбимого" (Loveless) - Рицки.