В 2010 году огромные ураганы, пронесшиеся по всему миру, почти уничтожили планету. Погибло 5 миллиардов жителей. От живших ранее на планете 9 миллиардов населения осталось лишь 4. Была разрушена экономика, нарушен баланс сил в мире. Северную Америку, Россию и Северную Европу покрыл толстый слой льда. Долины превратились в моря. Наступила эра хаоса. Японское правительство создало специальную экономическую зону и ему удалось частично восстановить страну. Технология Рowered Assist, которую разрабатывали долгое время, сыграла важную роль в процессе восстановления, но в других областях царила бедность и нищета.
Правящий класс называл себя Logos. Они начали использовать Рowered Assist в военных целях. Бедняков здесь называли Revenus, и отделились от них стеной.
Phantom - спецотряд, созданный чтобы следить за Revenus и бороться с ренегатами внутри зоны обитания Logos. Главный персонаж Katsuragi Jo и Tsurasawa Hitoshi уходят из Phantom, забирая с собой девочку по имени Noto Saya. С этого момента начинаются их загадочные и опасные приключения.

У застенчивой и нескладной Канако Миямаэ аллергия на мужчин – вплоть до появления настоящей сыпи. Поэтому Канако с радостью переводится в частную женскую академию «Небесные королевы», где училась ее мать, и где она сама надеется встретить (что уж греха таить) свою избранницу и предаться чистой девичьей любви. Но надо же было так заблудиться, что посреди огромного парка новая ученица встречает светловолосую «принцессу» Марию Сидо в сопровождении служанки. В завязавшемся разговоре Канако, очарованная новой знакомой, внезапно получает на прощание жаркий поцелуй. Вся в радужных надеждах, Миямаэ наскоро знакомится со старостой общежития, потом с соседкой по комнате и спешит обратно к Марии, которая обещала показать ей школу. Без задней мысли ворвавшись в раздевалку стрелкового клуба, Канако вдруг окунается в мир кошмаров… ее мечта оказалась парнем!

Они нарушили основной закон алхимии и жестоко за это поплатились. И теперь два брата странствуют по миру в поисках загадочного философского камня, который поможет им исправить содеянное… Это мир, в котором вместо науки властвует магия, в котором люди способны управлять стихиями. Но у магии тоже есть законы, которым нужно следовать. В противном случае расплата будет жестокой и страшной. Два брата - Эдвард и Альфонс Элрики - пытаются совершить запретное: воскресить умершую мать. Однако закон равноценного обмена гласит: чтобы что-то получить, ты должен отдать нечто равноценное…

Центром сюжета является Оружейная школа Cинигами, в которой происходит обучение на роль следующего оружия (Смертоносной Косы) Cинигами-сама (он же Grim Reaper или по нашему Мрачный жнец). Обучающие поделены на пары инструктор - оружие, каждое оружие имеет свою человеческую форму, в которой и находится большую часть времени, а трансформируется в оружие только во время боя. Чтобы сдать экзамен необходимо собрать 99 человеческих злых душ и одну душу ведьмы.